Koperasi Assalaam didirikan untuk memperkuat ekonomi umat melalui usaha berbasis koperasi yang berlandaskan prinsip syariah. Koperasi ini berkomitmen pada pemberdayaan ekonomi anggota dan masyarakat, serta mendukung pendanaan untuk berbagai program sosial dan pendidikan yang diinisiasi oleh YMPIS.

Koperasi Pondok Pesantren (Koppontren) Assalaam, didirikan oleh para pegawai PPMI Assalaam pada tahun 1993, berfokus pada usaha simpan pinjam dan perdagangan. Dengan pengesahan akta pendirian pada 8 Desember 1995 (Nomor 12579/BH/KWK.11/XII/1995), Koppontren Assalaam tumbuh dari prakarsa Ibu Hj. Siti Aminah Abdullah Marzuki, salah satu pendiri yayasan, yang bertujuan untuk memperkuat ukhuwah, menanamkan semangat tolong-menolong (ta’awun), serta mempersiapkan kemandirian dan kewirausahaan di kalangan pegawai PPMI Assalaam.